Taman Nasional Manusela merupakan kawasan pegunungan yang relatif masih dalam keadaan baik dengan ketingian antara 0 - 3.027 m dpl, kemiringan 30 -60%. Terdapat sungai-sungai dengan aliran yang deras dan mempunyai konfigurasi lapangan yang terjal serta terdapat 6 buah gunung/bukit dengan G. Binaya yang tertinggi (± 3.027 m dpl).

Mempunyai iklim tipe B dengan rata-rata curah hujan antara 1.500 - 2.000 mm per tahun dengan suhu udara antara 25° - 35° C. Musim kunjungan terbaik antara bulan Mei s/d Oktober.

Taman Nasional Manusela terdiri dari hutan rawa/mangrove, hutan pantai, hutan dataran rendah, hutan dataran tinggi, hutan sub pegunungan dan hutan pegunungan.

Beberapa flora yang ada di Taman Nasional Manusela antara lain Tancang (Sonneratia alba), Bakau, Api-api, Nipah, Ipomoea pescare, Terminalia catappa, Casuarina equisetifolia, Nauclea sp, Ficus nodosa, Kayu putih (Melaleuca leucadendron), Meranti, Kayu raja, Kapur, Pulai, Nyamplung dan lain-lain.

Memiliki keanekaragaman jenis satwa yang tinggi dan endemik antara lain Rhycthomeles prattorum, Melomys aerorosus, Pogomelomys frattrecullus. Tercatat 117 jenis burung dan 14 jenis merupakan burung endemik serta 41 jenis termasuk ular endemis, penyu, biawak, soa-soa, ikan duyung dan sebagainya.

• Rekreasi dan pariwisata alam antara lain lintas hutan, pengamatan satwa, jungle tracking, foto hunting, hiking, berkemah, memancing, panorama alam dan pegunungan, goa-goa, rafting dan sebagainya.
• Penelitian.
• Budaya setempat.