Berbagai jenis flora dan fauna dapat ditemui di wilayah Taman Nasional Taka Bonerate, khususnya jenis flora dan fauna laut.

Flora
Jenis flora yang tumbuh di daerah pantai didominasi oleh tumbuhan kelapa (Cocos nucifera), Pandan Laut (Pandannus sp), Cemara Laut (Casuarina equisetifolia), Ketapang (Terminalia catappa) dan Waru Laut (Hibiscus tiliaceus). Sedangkan jenis flora air yang umum ditemui antara lain jenis rumput laut dan alga dari jenis Thalassia sp, Enhalus sp, Halimeda sp. dan Sargasum sp.

Salah satu jenis flora pantai yang tumbuh
di Taman Nasional Taka Bonerate
 

Fauna
Jenis fauna, khususnya fauna laut yang dapat ditemui di wilayah ini antara lain :

• Ikan

Di kawasan ini terdapat ± 350 jenis ikan karang dan berbagai jenis ikan konsumsi yang mempunyai nilai ekonomis tinggi. Jenis-jenis tersebut antara lain adalah Kerapu (Epinephelus spp), Cakalang (Katsuwonus spp), Tenggiri (Scomberomorus spp), Napoleon wrasse (Cheilinus undulatus), Baronang (Siganus sp), Cheitodon spp dan sebagainya.

• Karang

Telah diidentifikasi sebanyak 237 jenis terumbu karang yang tumbuh pada kedalaman 5–20 meter. Jenis-jenis tersebut antara lain Akar Bahar (Antiphates sp), Karang Meja (Acropora spp), Karang tanduk (Acropora spp), Pavona spp, Montipora spp dan Fungia spp. Secara umum jenis-jenis karang telah membentuk terumbu karang, baik dalam bentuk atol (Barrier reef) dan terumbu tepi (Fringing reef).

• Moluska

Tercatat sebanyak 101 jenis moluska antara lain dari klas Gastropoda : Lola (Trochus spp), Kerang Kepala Kambing (Cassis cornuta), Triton (Charonia tritonis) dan Batulaga (Turbo spp).

Klas Bivalva : Kima (Tridacna spp), Kerang mutiara (Pincfada spp) dan Klas Chephalopoda : Nautilus (Nautilus sp), Cumi-cumi (Squid sp) dan Gurita (Octopus sp).

• Penyu

Telah diidentifikasi ada 4 jenis penyu di kawasan ini, yang paling dominan adalah Penyu Hijau (Chelonia mydas) dan Penyu Sisik (Eretmochelys imbricata), di samping jenis penyu Tempayan (Caretta caretta) dan penyu Lekang (Lepidochelys olivacea).

• Echinodermata

Jenis-jenis echinodermata yang ditemui di perairan Taman Nasional Laut Taka Bonerate antara lain : Teripang (Holothuroidea sp), bintang laut (Asteroidea), Lili Laut (Criroidea) dan Bulu Babi (Echinoidea).


Pemandangan bawah air di Taman Nasional Taka Bonerate