Kawasan Konservasi Laut Teluk Cedrawasih ditetapkan sebagai Kawasan Cagar Alam Laut berdasarkan Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 58/Kpts-II/1990, tanggal 3 Pebruari 1990 dengan luas 1.453.500 ha. Berdasarkan Surat Pernyataan Menteri Kehutanan Nomor 448/MenhutVI/1990 tanggal 24 Maret 1990 kawasan konservasi tersebut dinyatakan sebagai Taman Nasional Laut Teluk Cenderawasih, dan selanjutnya ditetapkan melalui Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 472/Kpts-II/1993 tanggal 2 September 1993.

Secara administratif pemerintahan kawasan ini berada di dalam dua wilayah kabupaten yaitu Kabupaten Manokwari dan Kabupaten Paniai, Propinsi Irian Jaya. Sedangkan secara geografis, kawasan ini terletak di sebelah Barat Daya Teluk Cederawasih di pantai utara Irian Jaya pada koordinat 0° 43' - 3° 22' LS dan 134° 06' - 135° 10' BT.

Secara keseluruhan kawasan konservasi ini meliputi 18 pulau dari rangkaian Kepulauan Auri yang terbentang dari arah timur Tanjung Kwatisore di bagian selatan sampai utara di bagian utara Pulau Rumberpon. Tercakup kedalamannya 500 km daratan pantai, daerah pesisir dan perairan laut sekitarnya serta hamparan terumbu karang beserta berbagai potensi sumber daya alam yang terkandung di dalamnya.

Kawasan taman nasional laut ini mempunyai tipe-tipe ekosistem pantai dan perairan laut yang terdiri dari terumbu karang, padang lamun dan daratan dangkal yang kurang dari 20 meter. Pada tipe ekosistem perairan laut terdapat hamparan karang alami yang sangat indah dan luas mencakup lima bentuk pokok hamparan karang yaitu Patch Reef, Fringging Reef, Barrier Reef, Atol dan Shallow Water Reef. Terumbu karang tersebut sedikitnya terdiri dari 67 genera dan sub genera, mencakup 145 jenis karang Scleractinia yang terdapat sampai pada kedalaman 35 meter.

Di dalam kawasan ini juga terdapat berbagai jenis fauna/biota laut baik yang dilindungi maupun yang tidak dilindungi undang-undang.

Moluska terdiri dari 56 famili dan 196 jenis yang terdiri dari 153 jenis moluska Gastropoda, 40 jenis moluska katup ganda atau kerang dan 3 jenis moluska Cephalopoda. Jenis-jenis moluska yang dilindungi antara lain dari famili Tridacnidae, Cymatidae, Cassidae, Trochidae dan Trubinidae.

Jenis ikan yang ditemukan di kawasan ini sedikitnya sekitar 209 jenis dari 65 famili. Jenis-jenis yang dilindungi antara lain jenis mamalia yaitu Dugong dugon dan Delphinus delphinus. Sedangkan penyu, antara lain adalah Eretmochelys imbricata, Chelonia mydas, Lepidochelys olipacea dan Dermohelys coriacea, serta buaya di antaranya adalah Crocodylus porosus.

Fauna darat yang diketahui hingga saat ini sekitar 183 jenis dan diantaranya sekitar 37 jenis yang dilindungi. Sedangkan untuk jenis burung terdapat sekitar 36 jenis dan sekitar 18 jenis yang dilindungi, di antaranya Heliaectus leucogaster dan Chaloenas nicobarica.

Jenis flora yang diketahui saat ini adalah sekitar 64 jenis yang diantaranya sekitar 14 jenis yang dilindungi. Vegetasi pada kawasan pantai diketahui sekitar 39 jenis yang pada umumnya didominasi oleh Casuarina equisetifolia. Sedangkan pada formasi mangrove didominasi oleh Rhizophora sp., Sonneratia sp., Avicennia sp., Ceriops sp., Bruguiera sp., Xylocarpus sp., dan Heritiera sp.

Taman Nasional Teluk Cenderawasih mempunyai fungsi utama sebagai perlindungan sistem penyangga kehidupan, pengawetan keanekaragaman jenis tumbuhan dan satwa serta pemanfaatan yang lestari sumberdaya alam hayati dan ekosistemnya.