Dengan adanya ketinggian yang bervariasi antara 50 - 2.000 m dpl, kawasan ini memiliki beberapa tipe hutan. Lebih dari 90% kawasan taman nasional tertutup oleh hutan primer. Sesuai dengan hasil ekspedisi Linnaeus I (1991), di dalam kawasan taman nasional terdapat 216 jenis dari suku tumbuhan tinggi, 120 jenis paku-pakuan dan 22 jenis suku lumut. Selain itu dijumpai adanya 24 jenis anggrek (ekspedisi Putri Anggrek I Kabila, 1992). Hal tersebut merupakan tambahan dari jenis yang telah diketahui beberapa tahun lalu yaitu lebih kurang 250 jenis tumbuhan.

Jenis satwa khas yang ada di taman nasional antara lain maleo, anoa, babirusa, tarsius, yaki, berbagai jenis serangga dan lain-lain.

Potensi Wisata Alam

1. Di Tumokang Kosinggolan : keindahan alam, sumber air panas, keunikan alam dan atraksi (berkemah, lintas alam, memancing, foto hunting).
2. Di Torout, Lombongo, Tambun : danau, air terjun, keunikan alam, peninggalan budaya, berkemah, memancing, lintas alam, foto hunting dan berenang.
3. Di Hungayono terdapat batuan stalaktit calsit semacam kristal yang mengkilat, sumber air panas dan tempat bertelur burung maleo.