Taman Nasional Bogani Nani Wartabone merupakan rangkaian pegunungan dari ketinggian 50 - 1.900 m dpl, membentang dari Barat ke Timur dan dikelilingi oleh lembah-lembah yang sempit dan lereng bukit yang terjal. Puncak gunung yang tinggi antara lain Gunung Kabila (1.735 m), Gunung Padang (1.300 m) di Dumoga dan Gunung Gambuta (1.954 m), Gunung Ali (1.945 m) serta Gunung Damar di Bone.

Jenis tanahnya sebagian besar adalah Latosol. Batuan induk berasal dari gunung api dan gunung kapur, pada umumnya lapisan tanah atas makin ke Barat makin tipis.

Pada umumnya curah hujan di kawasan ini cukup tinggi dan merata. Antara bulan Nopember dan April bertiup angin Utara yang membawa hujan, sedangkan antara bulan April dan Nopember bertiup angin Selatan yang kering, sehingga kawasan ini mengalami musim kemarau.