Kawasan ini dikelola melalui Proyek pengembangan Taman Nasional Bukit Baka-Bukit Raya Sub Balai KSDA Propinsi Kalimantan Barat. Dalam mempersiapkan Rencana Pengelolaannya Departemen Kehutanan bekerjasama dengan USAID-NRMP dan ITTO-SFMP untuk implementasi rencana pengelolaan tersebut.
 

Perlindungan Tata air

Tujuan utama dari pengelolaan Taman Nasional Bukit Baka-Bukit Raya adalah :

1. Melindungi Sumber Daya Alam dan Keanekaragaman Hayati.
2. Melindungi tata air.
3. Mendukung Pengembangan Masyarakat di sekitar kawasan Taman Nasional.