Ekosistem
Ekosistem di wilayah ini terbentuk sesuai dengan adanya perubahan bentangan
alam, kecuali pada puncak-puncak bukit yang sudah mempunyai bentuk bentang
alam pegunungan. Keberadaan flora pada daerah ini menggambarkan variasi
jenis hutan tropika basah. Hadirnya keanekaragaman jenis tumbuhan dan satwa
pada tipe hutan ini disebabkan cepatnya regenerasi akibat adanya perubahan
bentang alam.
Dengan adanya perubahan ketinggian tempat, maka tipe vegetasi dominan berubah secara bertahap, sehingga di wilayah ini ditemui tipe-tipe vegetasi Hutan Dataran Rendah, Hutan Dataran Tinggi, Hutan Pegunungan, Vegetasi Sungai, dan Vegetasi Lumut (di puncak-puncak bukit).
Tumbuhan
Variasi topografi dan ketinggian kawasan Taman Nasional Bukit Baka-Bukit Raya membuat kawasan ini mempunyai vegetasi cukup lengkap, mulai dari tipe hutan dataran rendah hingga hutan pegunungan atas. Adapun jenis-jenis khas yang terdapat di kawasan ini adalah : Dipterocarpus oblongofolius, Salaca zalaca, Nauclea rivularis, Osmoxylon helleborium, Pinanga rivularis, Saurauria angustifolia, Dipteris lobiana, Asplenium sabaquatile, Tektaria hosei, Bolbitis sinuata. Selain itu juga terdapat berbagai jenis anggrek yang tumbuh di batang-batang pohon besar, diantaranya jenis Coelogyne rohusonii, Cymbidium sp, Gramatophyllum speciosum dan Sarchonthes sp.
Satwa
Keunikan yang lain dari Taman Nasional Bukit Baka-Bukit Raya ini adalah
terdapatnya beraneka ragam jenis satwa, diantaranya terdapat berbagai jenis
burung seperti Burung Ruai (Argusianus argus) dan 3 jenis Burung
Enggang salah satunya adalah Burung Enggang Gading (Rhinoplax vigil).
Jenis-jenis satwa lainnya yang telah dijumpai di kawasan ini diantaranya
mamalia, seperti Landak (Hystrix branchyura), Lutung Merah (Presbytis
rubicunda) dan Beruk (Macaca nemestrina). Reptilia seperti :
katak dari family Bufonideae dan Ranideae. Ular dari family
Colabridae dan kadal dari family Scinsideae.