Taman Nasional Kelimutu memiliki topografi daerah yang bergelombang mulai ringan sampai berat dengan relief berbukit-bukit sampai bergunung-gunung.

Beberapa tumbuhan yang terdapat di Taman Nasional Kelimutu antara lain kayu mata (Albizia montana), kebu (Homalanthus giganteus), tokotaka (Putranjiva roxburghii), uwi rora (Ardisia humilis), longgo baja (Drypetes subcubica), toko keo (Cyrtandra sp.), kayu deo (Trema cannabina), dan kelo (Ficus villosa).

Taman Nasional Kelimutu merupakan habitat sekitar 19 jenis burung yang terancam punah diantaranya punai Flores (Treron floris), burung hantu wallacea (Otus silvicola), sikatan rimba-ayun (Rhinomyias oscillans), kancilan Flores (Pachycephala nudigula), sepah kerdil (Pericrocotus lansbergei), tesia Timor (Tesia everetti), opior jambul (Lophozosterops dohertyi), opior paruh tebal (Heleia crassirostris), cabai emas (Dicaeum annae), kehicap Flores (Monarcha sacerdotum), burung madu matari (Nectarinia solaris), dan elang Flores (Spizaetus floris).

Selain memiliki keanekaragaman hayati yang cukup bernilai tinggi, juga memiliki keunikan dan nilai astetika yang menarik yaitu dengan adanya tiga buah danau berwarna dan berada di puncak Gunung Kelimutu (1.690 meter dpl). Danau pertama bernama Tiwu Ata Mbupu (danau arwah para orang), danau kedua bernama Tiwu Nuwa Muri Koo Fai (danau arwah muda-mudi) dan danau ketiga bernama Tiwu Ata Polo (danau arwah para tukang tenung). Danau pertama dan kedua letaknya sangat berdekatan, sedangkan danau ketiga terletak menyendiri sekitar 1,5 km di bagian Barat. Warna air dari ketiga danau tersebut berbeda satu sama lain dan selalu berubah dari waktu ke waktu terutama warna air Tiwu Nuwa Muri (duabelas kali perubahan dalam jangka waktu duapuluh lima tahun). Selain disebabkan oleh aktivitas gunung berapi Kelimutu, perubahan warna ini diduga akibat adanya pembiasan cahaya matahari, adanya mikro biota air, terjadinya zat kimiawi terlarut, dan akibat pantulan warna dinding dan dasar dana.

Kekayaan alam yang dimiliki Taman Nasional Kelimutu ditunjang oleh seni budaya berupa rumah adat, tarian tradisional dan kerajinan tenun ikat yang merupakan ciri khas masyarakat setempat. Pembuatan tenun ikat sangat menarik perhatian pengunjung, karena didasari oleh seni dan imajinasi yang sangat tinggi dan berbeda dengan pembuatan tenun ikat lainnya di Indonesia.

Lokasi/obyek yang menarik untuk dikunjungi:
Gunung Kelimutu. Di puncak Gunung Kelimutu merupakan tempat yang paling strategis untuk dapat melihat ketiga danau tersebut.
Moni. Sumber air panas, air terjun dan perkampungan pembuat tenun ikat tradisional.

Musim kunjungan terbaik: bulan Juli s/d September setiap tahunnya.

Cara pencapaian lokasi: Menggunakan pesawat terbang Kupang-Ende selama sekitar 40 menit atau Bima-Ende selama sekitar 90 menit. Selanjutnya dari Ende ke desa terdekat yaitu Desa Koanara sekitar 93 km (± 3 jam). Kemudian dari Desa Koanara-Desa Koposili-Desa Manakuko-Puncak Danau Kelimutu berjalan kaki sekitar 2,5 jam.